El Diario de la Unión Europea y el Boletín Oficial del Estado español publican la  Comunicación de la Comisión Europea “Evaluación de planes y programas en relación con espacios Natura 2000: orientación metodológica sobre el artículo 6, apartados 3 y 4, de la Directiva 92/43/CEE, sobre los Hábitats

El objeto de este  documento es ofrecer orientación metodológica sobre la aplicación del artículo 6, apartados 3 y 4, de la Directiva sobre los hábitats. Dicha orientación está concebida para ayudar a las autoridades y agencias nacionales de los Estados miembros y los países candidatos, así como a promotores, consultores, gerentes de los lugares, profesionales y otras partes interesadas, a aplicar las obligaciones que se desprenden de las citadas disposiciones. El presente documento expone las opiniones de la Comisión Europea y no es jurídicamente vinculante; solo el Tribunal de Justicia de la Unión Europea (TJUE) es competente para interpretar de forma vinculante el Derecho de la Unión.

El artículo 6 de la Directiva, apartados 3 y 4, establece un procedimiento por etapas para la evaluación de planes o proyectos que puedan afectar a espacios Natura 2000, el cual consta de tres etapas principales:

Etapa uno: evaluación previa. La primera parte del procedimiento consiste en una etapa de cribado («evaluación previa») para determinar si el plan o proyecto está directamente relacionado con la gestión de un espacio Natura 2000 o es necesario para esta y, si no es el caso, si es probable que tenga efectos apreciables en el lugar (7) (por sí solo o en combinación con otros planes o proyectos), teniendo en cuenta los objetivos de conservación de dicho espacio. La etapa uno se rige por el artículo 6, apartado 3, primera parte de la primera frase.

Etapa dos: evaluación adecuada. Si no puede descartarse que puedan producirse efectos apreciables, la siguiente etapa del procedimiento implica evaluar la repercusión del plan o proyecto (individualmente o en combinación con otros planes o proyectos) en función de los objetivos de conservación del lugar en cuestión, y determinar si afectará a la integridad del espacio Natura 2000, teniendo en cuenta todas las medidas de mitigación. Corresponderá a las autoridades competentes decidir si autorizar o no el plan o proyecto a la luz de las conclusiones de la evaluación adecuada. La etapa dos se rige por el artículo 6, apartado 3, segunda parte de la primera frase y segunda frase.

Etapa tres: excepción del artículo 6, apartado 3, en determinadas condiciones. La tercera etapa del procedimiento se rige por el artículo 6, apartado 4. Únicamente se aplica si, pese a una evaluación negativa, el promotor considera que el plan o proyecto debe llevarse a cabo por razones imperiosas de interés público de primer orden. Esta opción solo es posible si no existen soluciones alternativas, si las razones imperiosas de interés público de primer orden se justifican debidamente y si se adoptan las medidas compensatorias adecuadas para garantizar que la coherencia global de Natura 2000 quede protegida.

En cada etapa del procedimiento influye la anterior. Por tanto, el orden en que se siguen las etapas es fundamental para aplicar correctamente el artículo 6, apartados 3 y 4. El gráfico  muestra un diagrama de este procedimiento.